本書採用宋•林億等詮次、明•趙開美校對的《金匱要略方論》為藍本進行編寫。每篇篇首對篇名解釋、提示全篇內容，然後分為原文、校勘、注釋、提要、解析、選注、方論、按語、類方證治、醫案選錄、現代研究、結語、重點思考題等十三個欄目予以闡述。
〔解析〕是本書的核心內容，儘可能集古今醫家的研究成果，力求在內容的深度上有一定突破；對條文中的重點、難題、疑點，均進行比較深入的闡述、解釋、分析和討論。對有爭論的問題，首先列出注家的不同看法，最後闡明作者見解；對較長條文，作分段解析；必要時指出條文中的文法特點；對方劑中的藥物配伍作用及其特點進行比較中肯的分析；對原條文的歸納、概括或小結根據情況採用圖示或表格進行表述。
此外，為保持原書的全面系統性，特將附方及雜療方按上述體例進行介紹，書後還附有《金匱要略》參考書目一覽表和方劑索引。