卡巴Ⅰ成為了遺跡宇宙船的大腦,為了使遺跡基地崩壞而開始上升,而在其上,村上與吉歐展開宿命的對決!然而在激鬥後落敗的村上成為吉歐的人質,使得卡巴不得不現身,面對吉歐的神秘道具──單元.利姆巴。而此時,遺跡宇宙船也面臨其他獸神將的總攻擊…